混合氣體的環(huán)氧乙烷滅菌器有其最大的缺點：
1、混合氣體的環(huán)氧乙烷含CFC/HCFC或者叫氟利昂（根據蒙特利爾公約，CFC已經禁止使用）因為其為破壞大氣層的氣體。中國的混合氣體環(huán)氧乙烷滅菌劑都不給加CFC，因為CFC成本太高，但是CFC在混合氣體中起穩(wěn)定劑的作用，所以不加CFC容易爆炸。
2、混合氣體的環(huán)氧乙烷氣體不溶于水，同時遇到空氣將變?yōu)槠骗h(huán)大氣層的物質。純的環(huán)氧乙烷氣體溶于水，遇到水將變?yōu)橐叶?，乙二醇同時具有的殺菌作用。純的環(huán)氧乙烷遇到空氣將變?yōu)槎趸己退?。混合氣體不允許直排大氣。
3、混合氣體的環(huán)氧乙烷滅菌劑的保質期為30天，最多為50天，混合氣體為危險品運輸所以客戶更換氣瓶很難。我產品的鋁瓶裝環(huán)氧乙烷滅菌劑保質期為2年。
4、混合氣體的環(huán)氧乙烷滅菌器的滅菌劑裝在一個很大的煤氣罐的鋼瓶內，每次使用都要人為的打開閥門釋放氣體，很不安全，操作人員容易吸食到環(huán)氧乙烷氣體。環(huán)氧乙烷滅菌劑是致癌物，泄露時對操作人員是最大的危害。在國內爆炸過也熏死過醫(yī)護人員。
5、大瓶裝的混合氣體環(huán)氧乙烷滅菌劑，很容易爆炸不易運輸和儲存。因為保質期短醫(yī)院使用很麻煩。
6、混合氣體的環(huán)氧乙烷滅菌后的殘留很嚴重，如果用戶需要做環(huán)氧乙烷滅菌后環(huán)氧乙烷的殘留量很可能是不合格的。
7、混合氣體的環(huán)氧乙烷滅菌后對其滅菌的產品環(huán)氧乙烷的殘留量是超標的，同時國家規(guī)定混合氣體滅菌后的產品要置放24銷售才可以使用。
8、混合氣體的環(huán)氧乙烷滅菌器必須有專人看著設備，因為他不是全自動的，釋放藥水，加濕等都要人為去控制。
9.在國際上混合氣體的環(huán)氧乙烷不允許使用到醫(yī)院滅菌，只用于工業(yè)使用。